年末調整で医療費控除はできません！　確定申告が別途必要です

医療費控除とは、病院の医療費や薬局の薬代などが多かった年に、税金の負担を減らすことができる仕組みです。

「控除」には他にも基礎控除や生命保険控除などいろいろな種類があり、サラリーマンが控除を受ける場合には、ほとんどのケースでは勤務先が年末調整を行ってくれるのですが、医療費控除については年末調整では控除を受けることができません。

自分で確定申告をする必要があるので注意が必要です。

この記事では、医療費控除と年末調整・確定申告の関係について解説します。

1．年末調整では医療費控除できない

先ほどもお伝えしましたが、年末調整では医療費控除を行うことができません。

年末調整で控除を受けることができるものは下記のとおりです。

• 基礎控除
• 配偶者控除・配偶者特別控除
• 扶養控除
• 障害者控除
• 寡婦（夫）控除
• 勤労学生控除
• 社会保険料控除
• 生命保険料控除
• 地震保険料控除
• 確定拠出年金等〈企業型または個人型〉に対する控除
• 住宅借入金等特別控除（住宅ローン控除）（2年目から）
• 定額減税（2024年のみ）

雑損控除や、寄付金控除についても医療費控除と同様に年末調整できません。

（1）なぜ年末調整で医療費控除できないの？

年末調整できない理由は以下が考えられます。

• 会社の事務負担が膨大になる
• 年末調整のほうが先に終わる

会社の事務負担が膨大

医療費によって医療費控除の対象になる場合とならない場合があります。

仮に会社が年末調整を行うとすると、社員の支払った医療費が控除の対象かどうか判定する必要があります。
膨大な枚数の医療費の明細をチェックするのは、企業にとっては大きな事務コストになります。

また「医療費控除の対象となる場合/ならない場合」については詳しくは以下の記事で解説しています。

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年末調整のほうが先に終わる

医療費控除は12月31日までに支払った医療費が控除対象となりますが、通常、年末調整はそれ以前に行ってしまいます。
年末調整を行なった後に医療費が発生した場合には年末調整をやり直す必要が生じますし、保険料控除のように見込額で調整することも不可能です。

従って、会社勤めの人が医療費控除を受けたいときには自ら確定申告をする必要があります。

具体的な確定申告の方法は次の章で説明します。

2．医療費控除は確定申告で行う

年末調整を勤務先で行った場合でも、医療費控除を受けるには確定申告を行う必要があります。

（1）確定申告の流れ

確定申告の流れは以下の通りです。

1. 必要書類を用意する
2. 書類に必要項目を記載する
3. 書類を税務署へ提出する（郵送やオンライン）
4. 還付金が指定した口座に振り込まれる

必要書類を用意する

確定申告で医療費控除を受ける場合には、以下の書類等を準備して3月15日までに手続きを行います。

• 確定申告書（税務署や国税庁ホームページで入手可能）
• 医療費の明細書（税務署や国税庁ホームページで入手可能）
• 源泉徴収票（勤務先で発行してもらう）
• 還付金を受け取るための銀行の通帳

書類に必要項目を記載する

医療費控除の明細書・確定申告書に必要項目を記載します。

詳しい書き方は以下の記事でも解説していますのでご覧ください。

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また、国税庁ホームページの「確定申告書作成コーナー」で画面の順番に沿って給与所得や医療費を入力していくだけで簡単に確定申告書を作成することもできます。
もちろん、税務署の職員に書き方を教えてもらうことも可能です。

書類の提出と還付金の受け取り

郵送かオンライン（e-Tax）で必要書類を税務署に提出します。

その後指定の口座に還付金が振り込まれます。

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（2）注意点

会社勤めの方はあまり確定申告に慣れていないかもしれませんが、手続きはそれほど面倒ではありませんので、医療費が多くかかった場合には確定申告を行うようにしてください。

医療費控除の改正で、領収書提出が不要に

医療費の明細書は1年間に支払った医療費の領収書をもとに作成する必要がありますが、確定申告で医療費の領収書を提出する必要はありません。

ただし、医療費の領収書には5年間の保存義務があるので、5年間は必ず自宅で保管しておくようにしましょう。

（3）医療費控除かセルフメディケーション税制を選択する

医療費の控除には2種類あり、どちらか一方しか選択することはできません。

• 通常の医療費控除
• セルフメディケーション税制

通常の医療費控除

通常の医療費控除は、本人やその家族が1年間に一定以上の医療費を負担した場合に所得控除を受けることができるもので、医療費控除額は以下のように計算します。

つまり、通常、1年間の医療費にかかる自己負担分が10万円を超えた場合に、その超えた金額については所得から控除を受けることができるというものです。

※総所得金額が200万円未満の人は、総所得金額の5％

セルフメディケーション税制

セルフメディケーション税制とは、健康の保持増進及び疾病の予防として、1年間に本人とその家族のために12,000円以上の対象医薬品を購入した場合に、その購入代金を所得から控除できる税制です。

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まとめ

医療費控除は年末調整で控除を受けることはできません。医療費控除を受けるためには確定申告をする必要があります。

通常の医療費控除とセルフメディケーション税制のどちらが得になるのか計算し、必要書類を準備して確定申告を行うようにしましょう。

医療費控除についての詳しい説明や、確定申告のやり方については関連記事を併せてご覧ください。

よくある質問

年末調整では、医療費控除はいくらから受けられますか？

年末調整では、医療費控除を受けることはできません。確定申告が必要です。

確定申告では通常、医療費の自己負担分が10万円を超えた場合に、医療費控除を受けることができます。
（※総所得金額が200万円未満の人は、総所得金額の5％を超えた場合）