【確定申告】e-Tax・マイナポータル連携のやり方（PC版）

e-Tax（確定申告書等作成コーナー）で、ふるさと納税や医療費控除などの確定申告をする際に、マイナポータル連携を利用すると、必要な情報を自動的に取り込みますので、入力する必要がなく、とても楽になります。

ただ、マイナポータル連携の方法は毎年変わっており、いまいち、やり方がよくわからない方も多いのではないでしょうか。

ここでは、2025年に行う令和6年分の確定申告で、e-Taxでマイナポータル連携をする方法を、すべてキャプチャ画像つきで徹底的に解説します。

この記事はPC（パソコン）での作業を解説しています（スマホも基本的な手順は同じです）。

1．e-Tax（確定申告）のマイナポータル連携とは

実際の作業に入る前に、e-Tax（確定申告）におけるマイナポータル連携の仕組みを簡単に解説しておきます。

マイナポータル連携は、画面の指示に沿ってやれば、なんとなくできなくはないのですが、何かトラブルが発生すると、途端にどうしていいかわからなくなる可能性があります。

マイナポータル連携の仕組みを知っておけば、自分が何の作業をやっているかよくわかり、スムーズに進められるようになります。

（1）マイナポータル連携とは

マイナポータル連携とは、ざっくりいうと、e-Tax（確定申告書等作成コーナー）で確定申告をする際に、ふるさと納税の寄付金証明書や生命保険料の控除証明書などを、それぞれの会社から自動的に取り込む仕組みのことです。

「マイナポータル」と呼ばれるサイトを経由して行うので、「マイナポータル連携」と呼ばれています。

「マイナポータル」とは、政府が運営するサイトで、確定申告・子育て・介護・年金など幅広い分野の行政手続きができます。

（2）マイナポータル連携の仕組み

利用するサイト（システム）

マイナポータル連携では、4つのサイト（システム）が登場します。

• e-Tax（確定申告書等作成コーナー）……確定申告書を作成するサイト
• マイナポータル……行政手続きをオンラインで行う総合サイト
• 民間送達サービス……ふるさと納税サイトや保険会社等から控除に必要な情報を受け取るサイト
• 外部サイト……ふるさと納税や生命保険などの証明書等を発行する企業の外部サイト

医療費控除だけをする場合は、「e-Tax（確定申告書等作成コーナー）」と「マイナポータル」だけしか利用しません。

ふるさと納税の寄付金控除や、生命保険料控除をする場合は、4つのサイトをすべて利用します。
そして、図の一番右側のサイトから左へ順々に控除に必要な情報が送られます。

ここで、右から2番目の「民間送達サービス」には、さらに次の3種類のサイト（システム）が存在しています。

• e-私書箱
• 民間送達・e-Tax連携サービス
• MyPost

もともと最初にできたのは「e-私書箱」です。多くの保険会社、共済、金融機関、証券会社などが対応しています。
ただ、事前に「e-私書箱」のアカウント作成が必要であり、メールアドレス登録があるなど、手順が少し面倒くさいものでした。

そのあと「民間送達・e-Tax連携サービス」が2023年2月から始まりましたが、こちらは、アカウント作成やメールアドレス登録が必要なく、手順がより簡単になりました。
2025年2月時点では、一部の「ふるさと納税」サイトが対応していますが、まだ対応している企業は少ない状況です。

「MyPost」は、日本郵便が提供している「インターネット上の郵便受け」ですが、ごく一部の企業しか対応していません。

どの企業がどのサービスに対応しているかは、国税庁のサイトに掲載されています。

【参照】国税庁：マイナポータル連携可能な控除証明書等発行主体一覧

医療費控除は連携1つのみ

医療費控除で利用するのは、「e-Tax（確定申告書等作成コーナー）」と「マイナポータル」だけですので、この連携だけですみます。

ふるさと納税の寄付金控除などは、3種類の連携

ふるさと納税の寄付金控除や、生命保険料控除をする場合は、4つのサイトが隣同士で連携する必要があり、3種類の連携が必要になります。

• ①マイナポータル⇔民間送達サービス
• ②民間送達サービス⇔外部サイト
• ③e-Tax⇔マイナポータル

連携作業はこの順番に行うとスムーズです。

まず最初に、連携①「マイナポータル⇔民間送達サービス」と連携②「民間送達サービス⇔外部サイト」を行います。
これは、マイナポータル上で「確定申告の事前準備」という形で行います。

事前準備を終えたら、e-Tax（確定申告書等作成コーナー）にアクセスして確定申告書を作成します。
途中で「マイナポータルと連携する」を選ぶと、一番最初にやるときだけ「③e-Tax⇔マイナポータル」の連携の画面に進みます。

細かい作業方法は後で説明しますが、3つの連携作業が必要だと覚えておけばよいでしょう。

2．e-Tax・マイナポータル連携に必要なものと作業の流れ

（1）e-Tax・マイナポータル連携に必要なもの

e-Taxでマイナポータル連携するために最低限必要なものは、こちらです。

• マイナンバーカード
• マイナンバーカードに設定したパスワード（2種類）
• PC（パソコン）、または、スマートフォン

パソコンを利用するとき、場合によって必要になるのが、こちらです。

• ICカードリーダライタ

マイナポータルにログインするにはマイナンバーカードが必要です。マイナンバーカードがない人は、まずは申請しましょう。ただし、発行するまでに時間がかかります。

マイナンバーカードはほとんどの人がお持ちだと思いますが、市区町村の役場で、カードを発行してもらうときに設定したパスワードが必要です。

マイナポータル連携で利用するのは、次の2種類のパスワードです。ほとんどの人は、どちらも同じパスワードを設定していると思います。

• 利用者証明用電子証明書パスワード（4桁の数字）→ログインのために利用
• 券面事項入力補助用パスワード（4桁の数字）→氏名・住所などの情報読み出しに利用

このパスワードを3回間違えるとロックされて利用できなくなりますので、パスワードを忘れている方は、市区町村の役場に行って、再設定してもらいましょう。

そして、e-Taxを利用するには、PC（パソコン）・スマホのどちらかを利用します。スマホであれば、すべての作業をスマホだけで完結できますが、画面が小さいので、ちょっとやりづらいかもしれません。

この記事では、PC（パソコン）を利用する前提で手順を解説しますが、スマホでも基本的な流れは同じです。

PC（パソコン）を利用する場合、マイナンバーカードの情報を読み出すため、ICカードリーダライタ、または、スマホのどちらかを利用します。ただし、連携するサイトによっては、ICカードリーダライタしか対応していないものもあります。

本記事では、ICカードリーダライタを利用して解説します。

e-Taxの準備

e-Tax（確定申告書等作成コーナー）を初めて利用する場合は、「利用開始届」の提出も必要ですが、こちらはすでに済んでいるものとして解説していきます。

e-Taxの事前準備について詳しくは、以下の記事をご覧ください。

（2）PC・スマホと、マイナンバーカード認証方法の対応の組み合わせ

マイナポータル連携では、サイトのアクセスに利用するデバイス（PC or スマホ）と、マイナンバーカード認証に利用するデバイス（ICカードリーダライタ or スマホ）の組み合わせが次のようにあります。

• PC＋ICカードリーダライタ
• PC＋スマホ（QRコード認証）（※）
• スマホのみ

※スマホでQRコードを読み取るので「QRコード認証」と呼ばれています。

ちょっとややこしい話になりますが、連携するサイトによって、対応している組み合わせと対応していない組み合わせがあります。

連携サービス	PC＋ICカード	PC＋スマホ	スマホのみ
e-私書箱	◯	◯	◯
民間送達・e-Tax連携サービス	◯	✕	◯
MyPost	◯	✕	◯

e-私書箱では、すべての組み合わせに対応していますが、民間送達・e-Tax連携サービスでは、PC＋スマホ（QRコード認証）の組み合わせは対応していません。

つまり、「楽天ふるさと納税」などで、民間送達・e-Tax連携サービスと連携するには、PCを利用するときは必ずICカードリーダが必要になります。

（3）e-Tax・マイナポータル連携の作業の流れ

e-Taxでマイナポータル連携する作業の流れは、このようになります。

1. STEP1：マイナポータルの利用者登録（初めて利用する人だけ）
2. STEP2：マイナポータルの「確定申告の事前準備」から、取得する証明書を選択
3. STEP3：連携①「マイナポータル⇔民間送達サービス」
4. STEP4：連携②「民間送達サービス⇔外部サイト」
5. STEP5：e-Taxで連携③「e-Tax⇔マイナポータル」
6. STEP6：e-Taxでマイナポータルから証明書を取得

所要時間は30分～1時間程度を見ておくとよいでしょう（早い人は10分程度で可能だと思います）。

STEP1からSTEP5までが、実質的な連携作業で、STEP6が連携した後に、マイナポータルから証明書を取得する部分です。
一度、連携作業をしてしまえば、次にやるときは、STEP6の「マイナポータルから証明書を取得」だけですみます。

STEP1の「マイナポータルの利用者登録」は、マイナポータルを初めて利用する場合に行います。
以前に、給付金の申請や、健康保険証とマイナンバーカードの紐づけなどで、マイナポータルを利用したことがある人は、すでに登録されていますので、利用者登録は不要です。

STEP4の連携②「民間送達サービス⇔外部サイト」では、外部サイトとして、今回は、「楽天ふるさと納税」サイト（民間送達・e-Tax連携サービス）を例に解説します。

それでは、詳細な作業を順を追って説明していきます。

3．e-Tax・マイナポータル連携のやり方・手順

（1）STEP1：マイナポータルの利用者登録

マイナポータルの利用者登録は、マイナポータルを初めて利用する場合だけ行います。以前にマイナポータルを利用したことがあれば、必要ありません。次の「STEP2」へ進んでください。
マイナポータルの利用者登録の方法は、「マイナポータル」のマニュアルページに詳しく掲載されていますので、こちらをご覧ください。

【参照】マイナポータル：操作マニュアル：ログイン・利用者登録

認証でICカードリーダライタを利用する場合

マイナポータルのログインのために、ICカードリーダライタを利用する場合は、事前に、パソコンで以下の作業を行っておく必要があります。

• 利用者クライアントソフトのインストール
• カードリーダのドライバーのインストール（不要な場合もあり）
• マイナポータルAP（アプリ）のインストール
• Chrome拡張機能の追加（Chrome利用の場合）

具体的な手順は、別記事「e-Tax（確定申告書等作成コーナー）の事前準備と必要なもの：パソコン＋ICカードリーダー利用の場合」を参照してください。

認証でスマホを利用する場合

マイナポータルのログインのために、スマートフォンを利用する場合は、AndoroidはGoogle Play、iPhoneはApp Storeから、マイナポータルアプリをインストールします。

スマホのカメラで、こちらのQRコードを読みとると、アプリストアにいけます。

iPhone	Android

（2）STEP2：マイナポータルの「確定申告の事前準備」から、取得する証明書を選択

マイナポータルへのログイン

マイナポータルの「確定申告の事前準備」にアクセスしてください。

【アクセス先】マイナポータル：確定申告の事前準備

まだログインしていない場合は、「ログインしてはじめる」ボタンが下のほうに表示されますので、このボタンを押します。

ICカードリーダライタ、または、スマートフォンのどちらかを利用してログインします。
今回は、ICカードリーダライタを利用してログインします。

次のようなポップアップ画面が表示されます。
マインバーカードをICカードリーダライタにセットし、「OK」ボタンをクリックします（以降、何回か同じ作業をしますが、画面は省略します）。

4桁の利用者証明用パスワードを入力します。

取得する証明書を選択

ログインが完了すると、こちらの画面になりますので、「証明書等の取得状況を確認する」ボタンを押します。

「医療費控除」は最初から連携されています。医療費控除だけの人は、この後の作業は特に不要です。

「証明書等を選択する」ボタンを押します。

ここでは、ふるさと納税を例に解説していますので、「寄付金控除（ふるさと納税）」の「選択」を押します。

今回は、「楽天ふるさと納税」を例にしますので、「楽天ふるさと納税」の横をチェックして、「OK」ボタンを押します。

「寄付金控除（ふるさと納税）」も選択された状態になります。「次へ」ボタンを押します。

（途中省略）

「楽天ふるさと納税」の「取得」ボタンを押します。

今回は「楽天ふるさと納税」を選択していますので、対応している「民間送達・e-Tax連携サービス」が自動的に表示されます。

※「e-私書箱」が対応している場合は、「e-私書箱」が表示されます。

「連携をはじめる」ボタンを押します。

「同意して次へ」ボタンを押します。

（3）STEP3：連携①「マイナポータル⇔民間送達サービス」

「民間送達・e-Tax連携サービス」サイトに自動的に飛びます。

下の方にスクロールします。スクロールバーを動かして利用規約を読み、「同意する」にチェックを入れて「次へ」ボタンを押します。

「マイナンバーカード読み取りへ」ボタンを押します。

4桁数字の利用者証明用電子証明書パスワードを入力します（認証用）。

再度「マイナンバーカード読み取りへ」ボタンを押します。

4桁数字の券面事項入力補助用パスワードを入力します（氏名・住所・生年月日・性別の個人情報読み取り用）。

マイナポータルのサイトへ自動的に戻ります。「証書書等の取得をはじめる」ボタンを押します。

（4）STEP4：連携②「民間送達サービス⇔外部サイト」

再度、「民間送達・e-Tax連携サービス」サイトに自動的に飛びます。

ここで行う作業は、さきほどの作業とほぼ同じですが、連携するものが違います。
さきほどは、連携①「マイナポータル⇔民間送達サービス」でしたが、こんどは、連携②「民間送達サービス⇔外部サイト」です。
ここでは、「楽天ふるさと納税」サイトと連携します。

「楽天ふるさと納税 連携設定に進む」ボタンを押します。

下の方にスクロールします。スクロールバーを動かして利用規約を読み、「同意する」にチェックを入れて「次へ」ボタンを押します。

「マイナンバーカード読み取りへ」ボタンを押します。

4桁数字の利用者証明用電子証明書パスワードを入力します（認証用）。

再度「マイナンバーカード読み取りへ」ボタンを押します。

4桁数字の券面事項入力補助用パスワードを入力します（個人情報読み取り用）。

楽天のログイン画面へ飛びます。
日常的に楽天を利用している場合は、楽天ID（メールアドレス）が表示されています。パスワードを入力し、「次へ」ボタンを押します。
※楽天IDが表示されていないときは、楽天IDも入力します。

「民間送達・e-Tax連携サービス」サイトへ自動的に戻ります。「確定申告の事前準備へ戻る」ボタンを押します。

マイナポータルのサイトへ自動的に戻ります。「楽天ふるさと納税」のステータスが「完了」になりました。

「e-Taxで確定申告をはじめる」ボタンを押します。

 

※e-Tax（確定申告書等作成コーナー）の「事前準備」ボタンからマイナポータルにアクセスした場合は、ブラウザの別のタブにe-Tax（確定申告書等作成コーナー）が残っていますので、そちらに戻ってください。「e-Taxで確定申告をはじめる」ボタンを押すと、ホーム画面に戻ってしまいます。

（5）STEP5：e-Taxで連携③「e-Tax⇔マイナポータル」

e-Tax（確定申告書等作成コーナー）に飛びます。飛ばない場合は、こちらからアクセスしてください。

【アクセス先】国税庁 確定申告書等作成コーナー

e-Tax（確定申告書等作成コーナー）のログイン方法は、別の記事「e-Tax（確定申告書等作成コーナー）の事前準備と必要なもの：開始届出書の提出」で説明していますので、こちらをご覧ください。

ここからは、e-Tax（確定申告書等作成コーナー）でマイナポータル連携に関連する画面だけ説明します。
一部の画面を省略しますので、ご了承ください。

e-Taxからマイナポータルへのログイン（マイナポータル連携版）

「作成開始」ボタンを押します。提出方法について、ここでは、マイナンバーカードを持っていて、ICカードリーダライタを選択するものとします。

申告内容は「所得税」を選択します。

こちらの画面で「マイナポータルと連携する」を選択し、「次へ進む」ボタンをクリックします。

「e-Taxを行う前の確認」画面では、「利用規約に同意して次へ」ボタンをクリックします。

「マイナポータルへ移動」画面で、「次へ進む」ボタンを押します。

マイナポータルへ自動的に飛びます。
ここでは「ICカードリーダでログイン」ボタンを押します。

こちらの画面で、ポップアップ画面が表示されます。

4桁数字の利用者証明用電子証明書パスワードを入力します（認証用）。

「e-Tax⇔マイナポータル」の連携

はじめてマイナポータル連携をするときだけ、こちらのマイナポータルのサイトに自動的に飛びます。

「同意して次へ」ボタンを押します。

「マイナポータルとe-Taxをつなぐ」ページへ自動的に飛びます。

すでにe-Taxを利用したことがあることを前提にしていますので、「e-Taxへログイン」ボタンを押します。

4桁数字の利用者証明用電子証明書パスワードを入力します（認証用）。

「e-Taxを利用」ボタンを押します。

「次へ」ボタンを押します。

これで、マイナポータル連携の作業は完了です。「次へ」ボタンを押します。

（6）STEP6：e-Taxでマイナポータルから証明書を取得

ここからは、マイナポータルから証明書を取得する作業です。ここは、毎回、e-Taxを利用するたびに行います。

マイナポータルでの認証が完了すると、こちらの画面になります。「次へ進む」ボタンを押します。

「住所等の情報の確認・修正」画面で、「次へ進む」ボタンを押します。

「マイナポータル」連携画面にきます。
「申告する方本人の情報を取得しますか」は「取得する」を選びます。
「家族分の情報を取得しますか」は「取得しない」を選びます。
（家族分の医療費控除をまとめてする場合は「取得する」を選びますが、事前に家族のマイナンバーカードで代理申請が必要です。）

「マイナポータルに移動して情報を取得」ボタンを押します。

はじめてマイナポータル連携をするときだけ、こちらのマイナポータルのサイトに自動的に飛びます。

「利用規約に同意する」にチェックを入れ、「次へ」ボタンを押します。

「連携」ボタンを押します。

「控除証明書等の取得」の画面が表示されます。

「医療費通知情報」と「寄付金控除に関する証明書」には、チェックが入っているはずですが、入っていないときはチェックを入れます。
「上記の留意事項を確認した」にチェックを入れ、「次へ」ボタンを押します。

取得した情報の一覧が表示されます。「申告書等を作成する」ボタンを押します。

「xmlデータの読み込み」画面が表示されます。
以前は、ふるさと納税サイト等からxmlデータをダウンロードして、ここで読み込んだのですが、現在は不要です。
（一部のサイトではxmlデータしか対応していないところもあります。）
「次へ」ボタンを押します。

あとは、通常どおりの、所得税の確定申告書作成の手順になります。

医療費控除や、寄付金控除（ふるさと納税）の箇所では、すでに入力されている状態になっています。
基本的には、画面の指示に従って進んでいけば、給与の源泉徴収票以外は入力の必要がなく、10分程度で終わるでしょう。

長い間、お疲れ様でした。以上です。